除此之外，如果你也可以在已知的魔方陣上動些手腳來得到新的魔方陣。以上面的魔方陣為例：若將9與49互換位置，這還會是一個魔方陣嗎？
顯然不是，因為這樣一來有9與49那兩列的和就被改變了（一列增加40，一列減少40）。然而，再將53與13（或52與12）交換位置，這個方陣就成為一個新的魔方陣了。
但是也不是在9與49那兩列随便再找兩個數字互換就可以得到魔方陣的，例如10與50以及15與55，如果動這兩組數字，則對角線和也會跟著改變。
同樣地，如果再將39與34及50與55互換位置，也可以得到一個新的魔方陣。
以類似的做法，同一個魔方陣可以衍生出很多新的魔方陣來。